KOD FX Neo实验例7: 用混合肥料(堆肥)进行宏基因组分析
|
用各种方法从混合肥料（堆肥）中抽提出粗DNA溶液，以该DNA溶液处理后的上清为样品，用原核生物共同的引物进行rDNA扩增。结果可见，用碱裂解法和一步法配制的样品，与常见的CTAB法得到的样品，可得到同等的扩增效果（右图）。 |
|
继续探讨，由于KOD FX Neo的PCR产物末端已被平滑化，用专用的TA克隆试剂「TArget Clone -Plus-」克隆后再进行测序分析。结果可见，96个克隆均得到了良好的测序结果。同时从分析的结果可知，用各种粗抽提法得到的序列也同样有好的结果。（碱裂解法、一步法等虽然非常简便，但初次使用时，为避免被污染的风险，建议事先与以往的方法进行比较后再开始实验）。
此外，使用碱裂解法得到的上清、各种扩增试剂、3种通用引物进行rDNA扩增，结果可见，用KOD FX Neo可得到最好的结果（下图）。
