KOD SYBR® qPCR Mix实验例3:使用粗样品进行荧光定量PCR
【数据提供】
日本大学 药学部 基因组制药学研究室 小林 秀昭 老师
【实验结果】
1. 提纯的DNA及菌液的扩增曲线
红色:提纯的DNA
绿色:菌液
菌液的扩增曲线的斜率与提纯的DNA的斜率大致相同。
2. 提纯的DNA与菌液的融解曲线
红色:提纯的DNA
绿色:菌液
菌液的融解曲线的形状与提纯的DNA大致相同。峰也显示出相同的Tm,非特异性产物也基本没有产生。
【样品】菌液
【样品的制备方法】
取昆虫的一部分组织。捣碎研磨,回收其中存在的菌类。
【基因名】B
【目的片段长度】约600 bp
【引物】
Primer1:24 mer, Tm 60℃、Primer2:24 mer, Tm 58℃
【比较对象】提纯的DNA
【反应条件】
KOD SYBR® qPCR Master Mix 5μL
Primer1 (10 μM) 0.2μL
Primer2 (10 μM) 0.2μL
50×ROX reference dye 0.2μL
Template 1μL
DDW 3.4μL
合计 10μL
【PCR循环】
98℃, 2 min.
↓
(98℃, 10 sec. - 60℃, 10 sec. - 68℃, 30 sec.) × 40 cycles
↓
melt curve
【检测仪器】StepOne Plus (life technologies)
【评论】
与提纯的DNA相比,即使用菌液也几乎没有副产物的生成、Tm也一致、扩增曲线的斜率也大致相同,所以KOD SYBR® qPCR Mix对菌液等粗样品也可以进行扩增,例如菌落PCR等。