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KOD FX
实验例6: 挑战扩增真核细胞最长基因DMD(13.5Kb)的PCR克隆


人dystrophin(DMD)基因是真核细胞中最长的mRNA之一。这里介绍一下使用KOD FX对该基因的全长进行克隆的例子。



逆转录反应 
1st  Strand 合成试剂盒:ReverTra Ace -α-(Code No.:FSK-100)
  RNA :Human Adult Skeletal Muscle total RNA (Code No.:CA1H60) 1μg / 20μl反应体系 
逆转录Primer: Oligo (dT)20 primer(Code No.:FSK-201)

KOD FX进行PCR
Primer F: GATGGCCTTGTTGGCCTACTGGAGCAATAAAGTTTGAAGAACTTTTACCAGG
Primer R: GACGGCCTATGTGGCCACAACACGAAATAATGTCCAAATTAATTATGC (下划线部分为Sfi I位点)

通过琼脂糖凝胶电泳确认扩增产物

剩下的PCR扩增产物用MagExtractor -PCR & Gel Clean up-(Code No.:NPK-601)纯化

用限制酶Sfi I(Code No.:SFI-111)消化PCR产物 

琼脂糖凝胶电泳分析、切胶、DNA回收

与预先用Dra III切断的Plasmid Vector pME13SFL3连接

大肠杆菌感受态细胞DH5α(Code No.:DNA-903)转化

对转化结果挑出5个克隆通过测序确认序列

20080527KFX_DMD_B.jpg

<结果> 
测序结果可知,在5个克隆中可得到1个由于PCR错误而没有变异的DMD基因的全长。


关于KOD FX的保真性・・・
KOD FX的PCR过程中,产生碱基错配的频率(错误率)144,535个碱基中仅为19个,该保真性约为Taq酶或其他公司Long PCR用酶的10倍。


※KOD -Plus- Ver.2的保真性与KOD -Plus- 大致相等。
<PCR错误率的测定方法>以人基因组DNA为模板,用各酶对β-globin区域2.4kb进行扩增,对PCR产物进行TA克隆后,选择96个克隆进行测序,确认序列。

 

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